Шанхай Ынтымақтастық Ұйымы 2001 жылы «Шанхай бестігінен» (Қазақстан, Ресей, Кытай, Қырғызстан және Тәжікістан) құрылған. ШЫҰ-ның негізі – Шекара аумағында әскери саласында сенімді нығайту туралы Шанхай келісімі (1996 жылы) және Шекара аумағында қарулы күштердің өзара қысқартылуы туралы Мәскеу келісімі (1997 жылы) болып табылады.

Аталған екі тарихи келісімнің біріншісіне қол қою үшін 1996 жылы Шанхай қаласында бес мемлекет басшысы кездесіп, ол «Шанхай бестігі» деген атауға негіз болды. Шанхайдағы, оған ілесе бір жылдан кейін Мәскеуде өткен саммиттер алты жылдан соң көп жақты ынтымақтастық ұйымына айналған құрылымның негізін қалады. 

Қазақстан, Шанхай ынтымақтастық ұйымымен ықпалдасуды өзінің сыртқы саясатының басым бағыттарының бірі ретінде қарастыра отырып, аталған Ұйымға ерекше мән береді.
ШЫҰ осы өңірдегі мемлекеттердің қауіпсіздік және сенім шараларын нығайту мәселелерін бірлесіп шешу ұмтылысының нәтижесінде пайда болды. Ұйымның мүдделері саяси, экономикалық және мәдени–гуманитарлық салаларға таралды.

Терроризм, экстремизм және тағы басқа сыртқы қауіптер аймақтағы мемлекеттерді  ШЫҰ-ның құрамында бірігуге итермелейді.

ШЫҰ – белгілі бір күштерге қарсы қимылдайтын әскери одақ немесе тұйық қоғамдастық емес. Ол – халықаралық ынтымақтастыққа ұмтылған ашық ұйым. ШЫҰ-ның қазіргі жағдайдағы мән беретін мәселелері – аймақтағы бейбітшілікті, тұрақтылықты және қауіпсіздікті сақтау, әсіресе, сауда–экономикалық ынтымақтастықтың дамуы.

«Шанхай үдерісінің» ең жоғары жетістігі – Қытай шекарасындағы шиеленісушіліктің әлсіреуі. Дипломатиялық және әскери сарапшылардан тұратын Бірлескен Бақылау Тобы шекара бойындағы 100  шақырымдық қауіпсіздік аймақтарда өзара тексерістерді жүргізеді.

ШЫҰ-ның органдары:
Мемлекет Басшыларының Кеңесі
Үкімет Басшыларының Кеңесі
Сыртқы істер министрлерінің Кеңесі
Министрліктер және/немесе ведомстволар басшыларының Кеңесі
Ұлттық Үйлестірушілердің Кеңесі
Хатшылық
Өңірлік Терроризмге Қарсы Құрылым (ӨТҚҚ)
ӨТҚҚ Кеңесі

2001 жылғы Шанхай Саммитінде терроризм, сепаратизм және экстремизмге қарсы күрес туралы келісімшарт негізінде ӨТҚҚ құрылды. ӨТҚҚ-ның Атқарушы Комитеті 2004 жылдан бері Ташкентте жұмыс істейді.

2002 жылғы 7 маусымда Санкт–Петербургте ШЫҰ-ға мүше мемлекеттер басшыларының екінші кездесуінде үш маңызды құжат жасалды: ШЫҰ-ның Хартиясы, ӨТҚҚ туралы келісім және ШЫҰ-ның мүше мемлекеттері басшыларының мәлімдемесі.

2003 жылғы 29 мамырда Мәскеу қаласында ШЫҰ-ға мүше мемлекеттер басшыларының кездесуінде Ұйымның бюджетін қалыптастыру және орындалуының тәртібі туралы келісімге қол қойылды.

2003 жылы 23 қыркүйекте Пекинде Үкімет басшылары Кеңесінде сауда–экономикалық, көлік, энергетика салаларындағы қарым–қатынасты одан әрі дамыту туралы мәселелер талқыланды. Көп жақты сауда–экономикалық ынтымақтастықтың Бағдарламасы, ШЫҰ-ның 2004 жылғы бюджеті және тағы басқа қаржы құжаттары қабылданды.

2004 жылы 15 каңтардан бері Пекинде ШЫҰ-ның Хатшылығы жұмыс істейді.

2004 жылы 17 маусымда Ташкентте ШЫҰ-ға  мүше мемлекеттер басшыларының кездесуі өтіп, Ташкент мәлімдемесін  жасады және көптеген құжаттарға қол қойылды. Соның ішінде ШЫҰ ӨТҚҚ шеңберінде құпия ақпаратты қорғау, есірткіге қарсы күрес туралы келісімдерді атап өтуге болады.

2004 жылы қыркүйекте Бішкекте Ұйымның үкімет басшылары  ШЫҰ-ның көп жақты сауда–экономикалық ынтымақтастығы Бағдарламасын жүзеге асыратын шаралардың жоспарын қабылдады.

2005 жылы 5 шілдеде Астанада ШЫҰ-ға мүше мемлекеттер басшыларының кезекті саммитінде Астана мәлімдемесі жасалды. Антитеррорлық сипаттағы маңызды құжаттар –(терроризм, сепаратизм және экстремизмге қарсы күресуде ШЫҰ-ға мүше мемлекеттердің ынтымақтастық тұжырымдамасы, ШЫҰ ӨТҚҚ жанындағы ШЫҰ-ға мүше мемлекеттердің тұрақты өкілдіктері туралы Ережесі және ШЫҰ ӨТҚҚ Кеңесінің баяндамасы бекітілді. Сонымен қатар Пәкістан, Иран және Үндістан мемлекеттеріне ШЫҰ-ның жанындағы бақылаушы мәртебесін беру туралы шешім қабылданды.

2005 жылы 26 қазанда Мәскеуде ШЫҰ-ға мүше мемлекеттер Үкімет басшылары Кеңесінің мәжілісінде Банкаралық әрекеттесу және Төтенше жағдайды жоюға жәрдем етуде өзара іс-қимыл туралы келісімдер қабылданды.

2006 жылғы 15 маусымда Шанхайдағы мерейтойлық саммитінде Шанхай ынтымақтастық ұйымына мүше мемлекеттердің аумақтарында терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларды ұйымдастыру және өткізу тәртібі туралы, Ұйымға мүше мемлекеттердің аумағына террористік, сепаратистік және экстремистік іс-әрекетке қатысы бар адамдардың кіру арналарын анықтау және жолын кесу саласындағы ынтымақтастық туралы және 2007–2009 жылдарға арналған ШЫҰ-ның мүше мемлекеттердің терроризм, сепаратизм және экстремизмге қарсы күрестің бағдарламасы қабылданды.

Қауіпсіздік Кеңесінің хатшылары және бас прокурорлар жылына бір рет жүйелі түрде кездеседі. Ү.ж. 30 мамырда Мәскеу қаласында ШЫҰ-на мүше мемлекеттер парламенттері төрағаларының кездесуі өтті, Жоғарғы соттар төрағаларының кездесуі ү.ж. қыркүйек айына жоспарланған.

2006 жылы ШЫҰ-да жаңа іскерлік құрылымдар – Банкаралық Бірлестік және Іскерлік Кеңес құрылды. 2006 жылдың мамыр айынан ғылыми – саяси топтардың Форумы өз жұмысын бастады.

Соңғы кездерде ШЫҰ-ның халықаралық қатынастары едәуір нығайды. Мысалы, Солтүстік Корея, Непал, ТМД және Еуроодақтың мемлекеттері, БҰҰ-ның Даму Бағдарламасы, ҰҚШҰ, ЭЫҰ, басқа мемлекеттер мен ұйымдар ШЫҰ-ның іс-әрекетіне зор ықылас қойып отыр.  2004 жылы ШЫҰ БҰҰ-ның Бас Ассамблеясында бақылаушы ұйымы мәртебесін алды, ал 2005 жылдың көктемінде ОШАМҚ және ТМД хатшылықтарымен өзара түсінісу туралы меморандумы қабылданды.

ШЫҰ шеңберінде гуманитарлық салаларда, яғни білім, мәдениет, туризм және спорт алаңдарында өзара ықпалдасу бойынша жұмыстар жүргізілуде.

2007 жылдың қаңтарынан бастап, ШЫҰ-ның Бас хатшысы –  Қазақстанның өкілі Б.Қ. Нұрғалиев, ӨТҚҚ Атқарушы Комитетінің директоры –  Қырғыз Республикасының  өкілі М.У. Субанов.